Балаклавское благочиние образовано 12 сентября 2024 года решением Епархиального совета и указом митрополита Симферопольского и Крымского Тихона № 115, путем выделения из состава Севастопольского благочиния, в целях активизации церковно-приходской жизни и пастырского окормления верующих.

Севастопольское благочиние было разделено на четыре церковных округа (благочиния):

Центральное, Херсонесское, Северное и Балаклавское.

Благочинным Балаклавского церковного округа назначен настоятель храма во имя святых Двенадцати апостолов, г. Балаклава, протоиерей Михаил Викторов.

На территории благочиния расположено 12 действующих храмов, более десятка школ и детских садов, учреждения культуры и дополнительного образования.

Многие проекты в направлении развития духовно-нравственного воспитания в городе развивались именно здесь, во взаимодействии с отделом религиозного образования и катехизации города Севастополя.